Python _base._get_nth_sequence函数代码示例

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本文整理汇总了Python中skbio.io._base._get_nth_sequence函数的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python _get_nth_sequence函数的具体用法？Python _get_nth_sequence怎么用？Python _get_nth_sequence使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的函数代码示例或许可以为您提供帮助。

在下文中一共展示了_get_nth_sequence函数的15个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于我们的系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: _fastq_to_protein_sequence

def _fastq_to_protein_sequence(fh, variant=None, phred_offset=None, seq_num=1,
                               **kwargs):
    return _get_nth_sequence(
        _fastq_to_generator(fh, variant=variant, phred_offset=phred_offset,
                            constructor=Protein,
                            **kwargs),
        seq_num)

开发者ID:johnchase，项目名称:scikit-bio，代码行数:7，代码来源:fastq.py

示例2: _qseq_to_protein_sequence

def _qseq_to_protein_sequence(fh, seq_num=1,
                              phred_offset=_default_phred_offset,
                              variant=_default_variant):
    return _get_nth_sequence(_qseq_to_generator(fh, filter=False,
                             phred_offset=phred_offset, variant=variant,
                             constructor=partial(Protein, validate=False)),
                             seq_num)

开发者ID:bctaylor，项目名称:scikit-bio，代码行数:7，代码来源:qseq.py

示例3: _qseq_to_protein_sequence

def _qseq_to_protein_sequence(fh, seq_num=1,
                              phred_offset=_default_phred_offset,
                              variant=_default_variant, **kwargs):
    return _get_nth_sequence(_qseq_to_generator(fh, filter=False,
                             phred_offset=phred_offset, variant=variant,
                             constructor=Protein, **kwargs),
                             seq_num)

开发者ID:johnchase，项目名称:scikit-bio，代码行数:7，代码来源:qseq.py

示例4: test_seq_num_just_right

 def test_seq_num_just_right(self):
     value = _get_nth_sequence(self.gen, 3)
     self.assertEqual(value, 'goldilocks: 3')

开发者ID:7924102，项目名称:scikit-bio，代码行数:3，代码来源:test_base.py

示例5: test_seq_num_too_big

    def test_seq_num_too_big(self):
        with self.assertRaises(ValueError) as cm:
            _get_nth_sequence(self.gen, 6)

        self.assertIn('end of file', str(cm.exception))
        self.assertIn('6th', str(cm.exception))

开发者ID:7924102，项目名称:scikit-bio，代码行数:6，代码来源:test_base.py

示例6: test_seq_num_too_small

    def test_seq_num_too_small(self):
        with self.assertRaises(ValueError) as cm:
            _get_nth_sequence(self.gen, 0)

        self.assertIn('between 1 and', str(cm.exception))
        self.assertIn('0', str(cm.exception))

开发者ID:7924102，项目名称:scikit-bio，代码行数:6，代码来源:test_base.py

示例7: _fastq_to_protein_sequence

def _fastq_to_protein_sequence(fh, variant=None, phred_offset=None, seq_num=1):
    return _get_nth_sequence(
        _fastq_to_generator(fh, variant=variant, phred_offset=phred_offset,
                            constructor=partial(Protein, validate=False)),
        seq_num)

开发者ID:7924102，项目名称:scikit-bio，代码行数:5，代码来源:fastq.py

示例8: _fastq_to_biological_sequence

def _fastq_to_biological_sequence(fh, variant=None, phred_offset=None,
                                  seq_num=1):
    return _get_nth_sequence(
        _fastq_to_generator(fh, variant=variant, phred_offset=phred_offset,
                            constructor=Sequence),
        seq_num)

开发者ID:7924102，项目名称:scikit-bio，代码行数:6，代码来源:fastq.py

示例9: _fastq_to_nucleotide_sequence

def _fastq_to_nucleotide_sequence(fh, variant=None, phred_offset=None,
                                  seq_num=1):
    return _get_nth_sequence(
        _fastq_to_generator(fh, variant=variant, phred_offset=phred_offset,
                            constructor=NucleotideSequence),
        seq_num)

开发者ID:Kleptobismol，项目名称:scikit-bio，代码行数:6，代码来源:fastq.py

示例10: _qseq_to_biological_sequence

def _qseq_to_biological_sequence(fh, seq_num=1,
                                 phred_offset=_default_phred_offset,
                                 variant=_default_variant):
    return _get_nth_sequence(_qseq_to_generator(fh, filter=False,
                             phred_offset=phred_offset, variant=variant,
                             constructor=Sequence), seq_num)

开发者ID:bctaylor，项目名称:scikit-bio，代码行数:6，代码来源:qseq.py

示例11: _fasta_to_protein_sequence

def _fasta_to_protein_sequence(fh, qual=FileSentinel, seq_num=1):
    return _get_nth_sequence(
        _fasta_to_generator(fh, qual=qual,
                            constructor=partial(Protein, validate=False)),
        seq_num)

开发者ID:bctaylor，项目名称:scikit-bio，代码行数:5，代码来源:fasta.py

示例12: _fasta_to_biological_sequence

def _fasta_to_biological_sequence(fh, qual=FileSentinel, seq_num=1):
    return _get_nth_sequence(
        _fasta_to_generator(fh, qual=qual, constructor=Sequence),
        seq_num)

开发者ID:bctaylor，项目名称:scikit-bio，代码行数:4，代码来源:fasta.py

示例13: _fasta_to_protein_sequence

def _fasta_to_protein_sequence(fh, qual=FileSentinel, seq_num=1):
    return _get_nth_sequence(
        _fasta_to_generator(fh, qual=qual, constructor=ProteinSequence),
        seq_num)

开发者ID:AndreaEdwards，项目名称:scikit-bio，代码行数:4，代码来源:fasta.py

示例14: _fasta_to_nucleotide_sequence

def _fasta_to_nucleotide_sequence(fh, qual=FileSentinel, seq_num=1):
    return _get_nth_sequence(
        _fasta_to_generator(fh, qual=qual, constructor=NucleotideSequence),
        seq_num)

开发者ID:AndreaEdwards，项目名称:scikit-bio，代码行数:4，代码来源:fasta.py

示例15: _fasta_to_rna_sequence

def _fasta_to_rna_sequence(fh, qual=FileSentinel, seq_num=1, **kwargs):
    return _get_nth_sequence(
        _fasta_to_generator(fh, qual=qual,
                            constructor=RNA, **kwargs),
        seq_num)

开发者ID:Achuth17，项目名称:scikit-bio，代码行数:5，代码来源:fasta.py

注：本文中的skbio.io._base._get_nth_sequence函数示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等源码及文档管理平台，相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目，源码版权归原作者所有，传播和使用请参考对应项目的License；未经允许，请勿转载。

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