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Python _base._get_nth_sequence函数代码示例

原作者: [db:作者] 来自: [db:来源] 收藏 邀请

本文整理汇总了Python中skbio.io.format._base._get_nth_sequence函数的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python _get_nth_sequence函数的具体用法?Python _get_nth_sequence怎么用?Python _get_nth_sequence使用的例子?那么恭喜您, 这里精选的函数代码示例或许可以为您提供帮助。



在下文中一共展示了_get_nth_sequence函数的14个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于我们的系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: _qseq_to_protein_sequence

def _qseq_to_protein_sequence(fh, seq_num=1,
                              phred_offset=_default_phred_offset,
                              variant=_default_variant, **kwargs):
    return _get_nth_sequence(_qseq_to_generator(fh, filter=False,
                             phred_offset=phred_offset, variant=variant,
                             constructor=Protein, **kwargs),
                             seq_num)
开发者ID:sunhuaibo,项目名称:scikit-bio,代码行数:7,代码来源:qseq.py


示例2: _fastq_to_protein_sequence

def _fastq_to_protein_sequence(fh, variant=None, phred_offset=None, seq_num=1,
                               **kwargs):
    return _get_nth_sequence(
        _fastq_to_generator(fh, variant=variant, phred_offset=phred_offset,
                            constructor=Protein,
                            **kwargs),
        seq_num)
开发者ID:sunhuaibo,项目名称:scikit-bio,代码行数:7,代码来源:fastq.py


示例3: _construct_seq

def _construct_seq(fh, constructor=DNA, seq_num=1):
    lines = []
    for i, (data_type, seq_id, l) in enumerate(_yield_record(fh), 1):
        if data_type == 'data' and seq_num == i:
            lines = l
    seq = _get_nth_sequence(_fasta_to_generator(fh, constructor=constructor),
                            seq_num=seq_num)
    seq.interval_metadata = _parse_record(lines, len(seq))
    return seq
开发者ID:ElDeveloper,项目名称:biolopy,代码行数:9,代码来源:gff3.py


示例4: _genbank_to_protein

def _genbank_to_protein(fh, seq_num=1, **kwargs):
    record = _get_nth_sequence(_parse_genbanks(fh), seq_num)
    return _construct(record, Protein, **kwargs)
开发者ID:anderspitman,项目名称:scikit-bio,代码行数:3,代码来源:genbank.py


示例5: _genbank_to_rna

def _genbank_to_rna(fh, seq_num=1, **kwargs):
    record = _get_nth_sequence(_parse_genbanks(fh), seq_num)
    return _construct(record, RNA, **kwargs)
开发者ID:anderspitman,项目名称:scikit-bio,代码行数:3,代码来源:genbank.py


示例6: _qseq_to_biological_sequence

def _qseq_to_biological_sequence(fh, seq_num=1,
                                 phred_offset=_default_phred_offset,
                                 variant=_default_variant):
    return _get_nth_sequence(_qseq_to_generator(fh, filter=False,
                             phred_offset=phred_offset, variant=variant,
                             constructor=Sequence), seq_num)
开发者ID:sunhuaibo,项目名称:scikit-bio,代码行数:6,代码来源:qseq.py


示例7: test_seq_num_just_right

 def test_seq_num_just_right(self):
     value = _get_nth_sequence(self.gen, 3)
     self.assertEqual(value, "goldilocks: 3")
开发者ID:RNAer,项目名称:scikit-bio,代码行数:3,代码来源:test_base.py


示例8: test_seq_num_too_big

    def test_seq_num_too_big(self):
        with self.assertRaises(ValueError) as cm:
            _get_nth_sequence(self.gen, 6)

        self.assertIn("end of file", str(cm.exception))
        self.assertIn("6th", str(cm.exception))
开发者ID:RNAer,项目名称:scikit-bio,代码行数:6,代码来源:test_base.py


示例9: test_seq_num_too_small

    def test_seq_num_too_small(self):
        with self.assertRaises(ValueError) as cm:
            _get_nth_sequence(self.gen, 0)

        self.assertIn("between 1 and", str(cm.exception))
        self.assertIn("0", str(cm.exception))
开发者ID:RNAer,项目名称:scikit-bio,代码行数:6,代码来源:test_base.py


示例10: _fasta_to_protein

def _fasta_to_protein(fh, qual=FileSentinel, seq_num=1, **kwargs):
    return _get_nth_sequence(
        _fasta_to_generator(fh, qual=qual,
                            constructor=Protein, **kwargs),
        seq_num)
开发者ID:ElDeveloper,项目名称:biolopy,代码行数:5,代码来源:fasta.py


示例11: _fastq_to_biological_sequence

def _fastq_to_biological_sequence(fh, variant=None, phred_offset=None,
                                  seq_num=1):
    return _get_nth_sequence(
        _fastq_to_generator(fh, variant=variant, phred_offset=phred_offset,
                            constructor=Sequence),
        seq_num)
开发者ID:sunhuaibo,项目名称:scikit-bio,代码行数:6,代码来源:fastq.py


示例12: _fasta_to_biological_sequence

def _fasta_to_biological_sequence(fh, qual=FileSentinel, seq_num=1):
    return _get_nth_sequence(
        _fasta_to_generator(fh, qual=qual, constructor=Sequence),
        seq_num)
开发者ID:sunhuaibo,项目名称:scikit-bio,代码行数:4,代码来源:fasta.py


示例13: _embl_to_RNA

def _embl_to_RNA(fh, seq_num=1, **kwargs):
    record = _get_nth_sequence(_parse_records(fh, _parse_single_embl), seq_num)
    return _construct(record, RNA, **kwargs)
开发者ID:biocore,项目名称:micronota,代码行数:3,代码来源:embl.py


示例14: _sam_to_RNA

def _sam_to_RNA(fh, seq_num=1, **kwargs):
    record = _get_nth_sequence(_parse_records(fh), seq_num)
    return _construct(record, RNA, **kwargs)
开发者ID:biocore,项目名称:micronota,代码行数:3,代码来源:sam.py



注:本文中的skbio.io.format._base._get_nth_sequence函数示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等源码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。


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