具体原因可以参考这篇文章
“DLL/ActiveForm中的线程同步处理”www.delphibbs.com/keylife/iblog_show.asp。

事实上，经试验可以在dll工程文件中加入以下语句 ：

Application.Initialize;

if Application.Handle = 0 then
begin
    Application.CreateHandle;
end;

Application.Run;

解决线程中使用Synchronize 假死的问题，或者在线程中直接使用SendMessage替代Synchronize
同步。

原因在于若工程文件是DLL而不是EXE的话，Application默认不创建窗口句柄，因此Synchronize
向Application发送消息根本无法响应，手动创建句柄，并让其进入消息循环状态可以解决

转自http://hi.baidu.com/ferrylife/blog/item/c3a9ab51dc359e888d543021.html

用以上方法。会因为application的值不同而在任务栏上产生两个按钮
function SetApplicationHandle(AppHandle: THandle): Boolean; stdcall;
begin
  try
    Application.Initialize;
    if Application.Handle = 0 then
      begin
        Application.CreateHandle;
      end;
    Application.Handle:= AppHandle;
    Application.Run;
    Result:= True;
  except
    Result:= False;
  end;
end;

在dll中导入一个函数
在主线程中调用传入application.handle使任务栏按钮变回一个

type
    TExportEmuFormApplication = function(AppHandle: THandle): Boolean; stdcall;

......
private
    FAppHandle: TExportEmuFormApplication;
    FDLLHandle: THandle;
......

implementation

constructor TEmuMap.Create(aParent: TComponent);
begin
  FDLLHandle := LoadLibrary('emudll.dll');
  try
    FAppHandle:= GetProcAddress(FDLLHandle, 'SetApplicationHandle');

    if not (@FAppHandle = nil) then
      begin
        FAppHandle(Application.Handle);
      end;

......
end;

本文来自CSDN博客，转载请标明出处：http://blog.csdn.net/tomliks/archive/2009/08/07/4421347.aspx

PS: 如果用了FASTMM4，替换Application.Handle会出错！

所以可以用

在工程里家Application.MainFormOnTaskBar:= False ;

在onshow 里加入:ShowWindow(Application.Handle, SW_HIDE); //不在任务栏显示