1、这些事件输出来前后都变成JS代码了，看到到这样的代码的了。
会变成<script>alert('合同号XXX已存在')</script>
首先后台调试一下看看Page.ClientScript.RegisterStartupScript这句有没有执行吧。
如果有执行，再用firefox/ie8等可以查看及调试js代码的浏览器看看前台js运行有没有出错。前台主线程执行js时如果出错后续的一些js是不会补执行的，会中断。可能某处js出错了导致弹窗出不来。
还有就是触电发后台的控件是否包含量在UpdatePanel中，包含在无刷新组件中Page.ClientScript注册的事件会无效。改用ScriptManager.RegisterClientScriptBlock
2、

页面如果加入了无刷新控件那就不会弹出窗口！可以试试这个方法
RadioButtonList button = (RadioButtonList)sender;
        ///注册对话框的脚本
        ScriptManager.RegisterClientScriptBlock(
        button,
        button.GetType(),
        button.UniqueID,
        "alert('不在常用地点登陆时建议不要不要保存密码!');",
        true);