1、确认PHP.ini位置， 可以到PHPinfo（）查看,没有的可以查找php.ini复制一份；

2.查找PHP（5.6.30）里面的扩展目录

find / -name pdo_mysql

我的在/usr/local/src/php-5.6.30/ext/pdo_mysql

3.打开 /usr/local/src/php-5.6.30/ext/pdo_mysql

执行 

/usr/local/php/bin/phpize （若不是该路径，也可以查找 find / -name phpize）

4.输入 

./configure --with-php-config=/usr/local/php/bin/php-config --with-pdo-mysql-dir=/usr/bin/mysql（你的mysql目录） -with-zlib-dir=/usr/lib

5. sudo make && sudo make install

 最后面会出现一个目录

Installing shared extensions:     /usr/local/php/lib/php/extensions/no-debug-non-zts-20131226/

6.打开PHP.ini 

添加 

extension="/usr/local/php/lib/php/extensions/no-debug-non-zts-20131226/pdo_mysql.so"

7重启PHP-fpm

kill php-fpm

/usr/local/php/sbin/php-fpm