// Exemplo de configuracao para acesso aos serviços da Sefaz.
public class NFeConfigTeste extends NFeConfig {

    private KeyStore keyStoreCertificado = null;
    private KeyStore keyStoreCadeia = null;

    @Override
    public NFUnidadeFederativa getCUF() {
        return NFUnidadeFederativa.SC;
    }

    @Override
    public String getCertificadoSenha() {
        return "senha_certificado";
    }

    @Override
    public String getCadeiaCertificadosSenha() {
        return "senha_cadeia";
    }

    @Override
    public KeyStore getCertificadoKeyStore() throws KeyStoreException {
        if (this.keyStoreCertificado == null) {
            this.keyStoreCertificado = KeyStore.getInstance("PKCS12");
            try (InputStream certificadoStream = new FileInputStream("/tmp/certificado.pfx")) {
                this.keyStoreCertificado.load(certificadoStream, this.getCertificadoSenha().toCharArray());
            } catch (CertificateException | NoSuchAlgorithmException | IOException e) {
                this.keyStoreCadeia = null;
                throw new KeyStoreException("Nao foi possibel montar o KeyStore com a cadeia de certificados", e);
            }
        }
        return this.keyStoreCertificado;
    }

    @Override
    public KeyStore getCadeiaCertificadosKeyStore() throws KeyStoreException {
        if (this.keyStoreCadeia == null) {
            this.keyStoreCadeia = KeyStore.getInstance("JKS");
            try (InputStream cadeia = new FileInputStream("/tmp/cadeia.jks")) {
                this.keyStoreCadeia.load(cadeia, this.getCadeiaCertificadosSenha().toCharArray());
            } catch (CertificateException | NoSuchAlgorithmException | IOException e) {
                this.keyStoreCadeia = null;
                throw new KeyStoreException("Nao foi possibel montar o KeyStore com o certificado", e);
            }
        }
        return this.keyStoreCadeia;
    }
}

KeyStore keyStoreCert = KeyStore.getInstance("Windows-MY", "SunMSCAPI"); 
keyStoreCert.load(null, null);
Enumeration<String> aliasEnum = keyStoreCert.aliases();

NFStatusServicoConsultaRetorno retorno = new WSFacade(config).consultaStatus(DFUnidadeFederativa.SC, DFModelo.NFE);
System.out.println(retorno.getStatus());
System.out.println(retorno.getMotivo());

NFLoteEnvio lote = new NFLoteEnvio();
// setando os dados do lote

final NFLoteEnvioRetorno retorno = new WSFacade(config).enviaLote(lote);

final NFEnviaEventoRetorno retorno = new WSFacade(config).corrigeNota(chaveDeAcessoDaNota, textoCorrecao, sequencialEventoDaNota);

final NFEnviaEventoRetorno retorno = new WSFacade(config).cancelaNota(chaveDeAcessoDaNota, protocoloDaNota, motivoCancelaamento);

final NFDistribuicaoIntRetorno retorno = new WSFacade(config).consultarDistribuicaoDFe(cnpj, uf, chaveAcesso, nsu, ultNsu);

NFLoteEnvio lote = new NFLoteEnvio();
// setando os dados do lote
...

// Obtendo o xml do objeto
String xmlGerado = lote.toString();

final NFNota nota = new DFPersister().read(NFNota.class, xmlNota);
final NFNotaProcessada notaProcessada = new DFPersister().read(NFNotaProcessada.class, xmlNotaProcessada);

final NFNota nota = new DFPersister(false).read(NFNota.class, xmlNota);

final List<NFNota> notas = lote.getNotas();
// Armazena os xmls das notas
...

// Carregue o xml da nota do local que foi armazenado
final String xmlNotaRecuperada;
// Assine a nota
final String xmlNotaRecuperadaAssinada = new AssinaturaDigital(config).assinarDocumento(xmlNotaRecuperada);
// Converta para objeto java
final NFNota notaRecuperadaAssinada = new DFPersister().read(NFNota.class, xmlNotaRecuperadaAssinada);
// Crie o objeto NFNotaProcessada
final NFNotaProcessada notaProcessada = new NFNotaProcessada();
notaProcessada.setVersao(new BigDecimal(NFeConfig.VERSAO_NFE));
notaProcessada.setProtocolo(protocolo);
notaProcessada.setNota(notaRecuperadaAssinada);
// Obtenha o xml da nota com protocolo
String xmlNotaProcessadaPeloSefaz = notaProcessada.toString();

public static void main(String args[]){
    try {
        FileUtils.writeByteArrayToFile(new File("/tmp/producao.cacerts"), DFCadeiaCertificados.geraCadeiaCertificados(DFAmbiente.PRODUCAO, "senha"));
        FileUtils.writeByteArrayToFile(new File("/tmp/homologacao.cacerts"), DFCadeiaCertificados.geraCadeiaCertificados(DFAmbiente.HOMOLOGACAO, "senha"));
    } catch (Exception e) {
        e.printStackTrace();
    }
}