Python sequence.NucleotideSequence类代码示例

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本文整理汇总了Python中skbio.core.sequence.NucleotideSequence类的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python NucleotideSequence类的具体用法？Python NucleotideSequence怎么用？Python NucleotideSequence使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的类代码示例或许可以为您提供帮助。

在下文中一共展示了NucleotideSequence类的15个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于我们的系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: test_lower

 def test_lower(self):
     """ lower functions as expected
     """
     b = NucleotideSequence('GAt.ACa-', identifier='x', description='42')
     expected = NucleotideSequence('gat.aca-', identifier='x',
                                   description='42')
     self.assertEqual(b.lower(), expected)

开发者ID:teravest，项目名称:scikit-bio，代码行数:7，代码来源:test_sequence.py

示例2: test_iupac_degeneracies

    def test_iupac_degeneracies(self):
        exp = {
            # upper
            'B': set(['C', 'U', 'T', 'G']), 'D': set(['A', 'U', 'T', 'G']),
            'H': set(['A', 'C', 'U', 'T']), 'K': set(['U', 'T', 'G']),
            'M': set(['A', 'C']), 'N': set(['A', 'C', 'U', 'T', 'G']),
            'S': set(['C', 'G']), 'R': set(['A', 'G']),
            'W': set(['A', 'U', 'T']), 'V': set(['A', 'C', 'G']),
            'Y': set(['C', 'U', 'T']),
            # lower
            'b': set(['c', 'u', 't', 'g']), 'd': set(['a', 'u', 't', 'g']),
            'h': set(['a', 'c', 'u', 't']), 'k': set(['u', 't', 'g']),
            'm': set(['a', 'c']), 'n': set(['a', 'c', 'u', 't', 'g']),
            's': set(['c', 'g']), 'r': set(['a', 'g']),
            'w': set(['a', 'u', 't']), 'v': set(['a', 'c', 'g']),
            'y': set(['c', 'u', 't'])
        }
        self.assertEqual(self.b1.iupac_degeneracies(), exp)
        self.assertEqual(NucleotideSequence.iupac_degeneracies(), exp)

        # Test that we can modify a copy of the mapping without altering the
        # canonical representation.
        degen = NucleotideSequence.iupac_degeneracies()
        degen.update({'V': set("BRO"), 'Z': set("ZORRO")})
        self.assertNotEqual(degen, exp)
        self.assertEqual(NucleotideSequence.iupac_degeneracies(), exp)

开发者ID:BANSHEE-，项目名称:scikit-bio，代码行数:26，代码来源:test_sequence.py

示例3: test_upper

 def test_upper(self):
     """ upper functions as expected
     """
     b = NucleotideSequence('GAt.ACa-', identifier='x', description='42')
     expected = NucleotideSequence('GAT.ACA-', identifier='x',
                                   description='42')
     self.assertEqual(b.upper(), expected)

开发者ID:teravest，项目名称:scikit-bio，代码行数:7，代码来源:test_sequence.py

示例4: setUp

 def setUp(self):
     """ Initialize values to be used in tests
     """
     self.empty = NucleotideSequence('')
     self.b1 = NucleotideSequence('GATTACA')
     self.b2 = NucleotideSequence(
         'ACCGGUACC', identifier="test-seq-2",
         description="A test sequence")

开发者ID:teravest，项目名称:scikit-bio，代码行数:8，代码来源:test_sequence.py

示例5: test_iupac_characters

    def test_iupac_characters(self):
        exp = {
            'A', 'C', 'B', 'D', 'G', 'H', 'K', 'M', 'N', 'S', 'R', 'U', 'T',
            'W', 'V', 'Y', 'a', 'c', 'b', 'd', 'g', 'h', 'k', 'm', 'n', 's',
            'r', 'u', 't', 'w', 'v', 'y'
        }

        self.assertEqual(self.b1.iupac_characters(), exp)
        self.assertEqual(NucleotideSequence.iupac_characters(), exp)

开发者ID:BANSHEE-，项目名称:scikit-bio，代码行数:9，代码来源:test_sequence.py

示例6: test_alphabet

    def test_alphabet(self):
        exp = {
            'A', 'C', 'B', 'D', 'G', 'H', 'K', 'M', 'N', 'S', 'R', 'U', 'T',
            'W', 'V', 'Y', 'a', 'c', 'b', 'd', 'g', 'h', 'k', 'm', 'n', 's',
            'r', 'u', 't', 'w', 'v', 'y'
        }

        # Test calling from an instance and purely static context.
        self.assertEqual(self.b1.alphabet(), exp)
        self.assertEqual(NucleotideSequence.alphabet(), exp)

开发者ID:BANSHEE-，项目名称:scikit-bio，代码行数:10，代码来源:test_sequence.py

示例7: test_iupac_degenerate_characters

 def test_iupac_degenerate_characters(self):
     exp = set(['B', 'D', 'H', 'K', 'M', 'N', 'S', 'R', 'W', 'V', 'Y',
                'b', 'd', 'h', 'k', 'm', 'n', 's', 'r', 'w', 'v', 'y'])
     self.assertEqual(self.b1.iupac_degenerate_characters(), exp)
     self.assertEqual(NucleotideSequence.iupac_degenerate_characters(), exp)

开发者ID:BANSHEE-，项目名称:scikit-bio，代码行数:5，代码来源:test_sequence.py

示例8: test_iupac_standard_characters

 def test_iupac_standard_characters(self):
     exp = set("ACGTUacgtu")
     self.assertEqual(self.b1.iupac_standard_characters(), exp)
     self.assertEqual(NucleotideSequence.iupac_standard_characters(), exp)

开发者ID:BANSHEE-，项目名称:scikit-bio，代码行数:4，代码来源:test_sequence.py

示例9: test_complement_map

 def test_complement_map(self):
     exp = {}
     self.assertEqual(self.b1.complement_map(), exp)
     self.assertEqual(NucleotideSequence.complement_map(), exp)

开发者ID:BANSHEE-，项目名称:scikit-bio，代码行数:4，代码来源:test_sequence.py

示例10: setUp

 def setUp(self):
     self.empty = NucleotideSequence('')
     self.b1 = NucleotideSequence('GATTACA')
     self.b2 = NucleotideSequence(
         'ACCGGUACC', id="test-seq-2",
         description="A test sequence")

开发者ID:BANSHEE-，项目名称:scikit-bio，代码行数:6，代码来源:test_sequence.py

示例11: NucelotideSequenceTests

class NucelotideSequenceTests(TestCase):

    def setUp(self):
        self.empty = NucleotideSequence('')
        self.b1 = NucleotideSequence('GATTACA')
        self.b2 = NucleotideSequence(
            'ACCGGUACC', id="test-seq-2",
            description="A test sequence")

    def test_alphabet(self):
        exp = {
            'A', 'C', 'B', 'D', 'G', 'H', 'K', 'M', 'N', 'S', 'R', 'U', 'T',
            'W', 'V', 'Y', 'a', 'c', 'b', 'd', 'g', 'h', 'k', 'm', 'n', 's',
            'r', 'u', 't', 'w', 'v', 'y'
        }

        # Test calling from an instance and purely static context.
        self.assertEqual(self.b1.alphabet(), exp)
        self.assertEqual(NucleotideSequence.alphabet(), exp)

    def test_gap_alphabet(self):
        self.assertEqual(self.b1.gap_alphabet(), set('-.'))

    def test_complement_map(self):
        exp = {}
        self.assertEqual(self.b1.complement_map(), exp)
        self.assertEqual(NucleotideSequence.complement_map(), exp)

    def test_iupac_standard_characters(self):
        exp = set("ACGTUacgtu")
        self.assertEqual(self.b1.iupac_standard_characters(), exp)
        self.assertEqual(NucleotideSequence.iupac_standard_characters(), exp)

    def test_iupac_degeneracies(self):
        exp = {
            # upper
            'B': set(['C', 'U', 'T', 'G']), 'D': set(['A', 'U', 'T', 'G']),
            'H': set(['A', 'C', 'U', 'T']), 'K': set(['U', 'T', 'G']),
            'M': set(['A', 'C']), 'N': set(['A', 'C', 'U', 'T', 'G']),
            'S': set(['C', 'G']), 'R': set(['A', 'G']),
            'W': set(['A', 'U', 'T']), 'V': set(['A', 'C', 'G']),
            'Y': set(['C', 'U', 'T']),
            # lower
            'b': set(['c', 'u', 't', 'g']), 'd': set(['a', 'u', 't', 'g']),
            'h': set(['a', 'c', 'u', 't']), 'k': set(['u', 't', 'g']),
            'm': set(['a', 'c']), 'n': set(['a', 'c', 'u', 't', 'g']),
            's': set(['c', 'g']), 'r': set(['a', 'g']),
            'w': set(['a', 'u', 't']), 'v': set(['a', 'c', 'g']),
            'y': set(['c', 'u', 't'])
        }
        self.assertEqual(self.b1.iupac_degeneracies(), exp)
        self.assertEqual(NucleotideSequence.iupac_degeneracies(), exp)

        # Test that we can modify a copy of the mapping without altering the
        # canonical representation.
        degen = NucleotideSequence.iupac_degeneracies()
        degen.update({'V': set("BRO"), 'Z': set("ZORRO")})
        self.assertNotEqual(degen, exp)
        self.assertEqual(NucleotideSequence.iupac_degeneracies(), exp)

    def test_iupac_degenerate_characters(self):
        exp = set(['B', 'D', 'H', 'K', 'M', 'N', 'S', 'R', 'W', 'V', 'Y',
                   'b', 'd', 'h', 'k', 'm', 'n', 's', 'r', 'w', 'v', 'y'])
        self.assertEqual(self.b1.iupac_degenerate_characters(), exp)
        self.assertEqual(NucleotideSequence.iupac_degenerate_characters(), exp)

    def test_iupac_characters(self):
        exp = {
            'A', 'C', 'B', 'D', 'G', 'H', 'K', 'M', 'N', 'S', 'R', 'U', 'T',
            'W', 'V', 'Y', 'a', 'c', 'b', 'd', 'g', 'h', 'k', 'm', 'n', 's',
            'r', 'u', 't', 'w', 'v', 'y'
        }

        self.assertEqual(self.b1.iupac_characters(), exp)
        self.assertEqual(NucleotideSequence.iupac_characters(), exp)

    def test_complement(self):
        self.assertRaises(BiologicalSequenceError,
                          self.b1.complement)

    def test_reverse_complement(self):
        self.assertRaises(BiologicalSequenceError,
                          self.b1.reverse_complement)

    def test_is_reverse_complement(self):
        self.assertRaises(BiologicalSequenceError,
                          self.b1.is_reverse_complement, self.b1)

    def test_nondegenerates_invalid(self):
        with self.assertRaises(BiologicalSequenceError):
            list(NucleotideSequence('AZA').nondegenerates())

    def test_nondegenerates_empty(self):
        self.assertEqual(list(self.empty.nondegenerates()), [self.empty])

    def test_nondegenerates_no_degens(self):
        self.assertEqual(list(self.b1.nondegenerates()), [self.b1])

    def test_nondegenerates_all_degens(self):
        # Same chars.
#.........这里部分代码省略.........

开发者ID:BANSHEE-，项目名称:scikit-bio，代码行数:101，代码来源:test_sequence.py

示例12: test_lower

 def test_lower(self):
     b = NucleotideSequence('GAt.ACa-', id='x', description='42')
     expected = NucleotideSequence('gat.aca-', id='x',
                                   description='42')
     self.assertEqual(b.lower(), expected)

开发者ID:BANSHEE-，项目名称:scikit-bio，代码行数:5，代码来源:test_sequence.py

示例13: test_upper

 def test_upper(self):
     b = NucleotideSequence('GAt.ACa-', id='x', description='42')
     expected = NucleotideSequence('GAT.ACA-', id='x',
                                   description='42')
     self.assertEqual(b.upper(), expected)

开发者ID:BANSHEE-，项目名称:scikit-bio，代码行数:5，代码来源:test_sequence.py

示例14: test_iupac_standard_characters

 def test_iupac_standard_characters(self):
     """iupac_standard_characters property functions as expected"""
     exp = set("ACGTUacgtu")
     self.assertEqual(self.b1.iupac_standard_characters(), exp)
     self.assertEqual(NucleotideSequence.iupac_standard_characters(), exp)

开发者ID:teravest，项目名称:scikit-bio，代码行数:5，代码来源:test_sequence.py

示例15: test_complement_map

 def test_complement_map(self):
     """complement_map property functions as expected"""
     exp = {}
     self.assertEqual(self.b1.complement_map(), exp)
     self.assertEqual(NucleotideSequence.complement_map(), exp)

开发者ID:teravest，项目名称:scikit-bio，代码行数:5，代码来源:test_sequence.py

注：本文中的skbio.core.sequence.NucleotideSequence类示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等源码及文档管理平台，相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目，源码版权归原作者所有，传播和使用请参考对应项目的License；未经允许，请勿转载。

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