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Python structure.IMolecule类代码示例

原作者: [db:作者] 来自: [db:来源] 收藏 邀请

本文整理汇总了Python中pymatgen.core.structure.IMolecule的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python IMolecule类的具体用法?Python IMolecule怎么用?Python IMolecule使用的例子?那么恭喜您, 这里精选的类代码示例或许可以为您提供帮助。



在下文中一共展示了IMolecule类的4个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于我们的系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: test_to_from_dict

 def test_to_from_dict(self):
     d = self.mol.to_dict
     mol2 = IMolecule.from_dict(d)
     self.assertEqual(type(mol2), IMolecule)
     propertied_mol = Molecule(
         ["C", "H", "H", "H", "H"], self.coords, charge=1, site_properties={"magmom": [0.5, -0.5, 1, 2, 3]}
     )
     d = propertied_mol.to_dict
     self.assertEqual(d["sites"][0]["properties"]["magmom"], 0.5)
     mol = Molecule.from_dict(d)
     self.assertEqual(propertied_mol, mol)
     self.assertEqual(mol[0].magmom, 0.5)
     self.assertEqual(mol.formula, "H4 C1")
     self.assertEqual(mol.charge, 1)
开发者ID:richardtran415,项目名称:pymatgen,代码行数:14,代码来源:test_structure.py


示例2: test_to_from_file_string

    def test_to_from_file_string(self):
        for fmt in ["xyz", "json", "g03", "yaml"]:
            s = self.mol.to(fmt=fmt)
            self.assertIsNotNone(s)
            m = IMolecule.from_str(s, fmt=fmt)
            self.assertEqual(m, self.mol)
            self.assertIsInstance(m, IMolecule)

        self.mol.to(filename="CH4_testing.xyz")
        self.assertTrue(os.path.exists("CH4_testing.xyz"))
        os.remove("CH4_testing.xyz")
        self.mol.to(filename="CH4_testing.yaml")
        self.assertTrue(os.path.exists("CH4_testing.yaml"))
        mol = Molecule.from_file("CH4_testing.yaml")
        self.assertEqual(self.mol, mol)
        os.remove("CH4_testing.yaml")
开发者ID:Lightslayer,项目名称:pymatgen,代码行数:16,代码来源:test_structure.py


示例3: test_get_centered_molecule

 def test_get_centered_molecule(self):
     mol = IMolecule(["O"] * 2, [[0, 0, 0], [0, 0, 1.2]],
                     spin_multiplicity=3)
     centered = mol.get_centered_molecule()
     self.assertArrayAlmostEqual(centered.center_of_mass, [0, 0, 0])
开发者ID:Lightslayer,项目名称:pymatgen,代码行数:5,代码来源:test_structure.py


示例4: test_to_from_dict

 def test_to_from_dict(self):
     d = self.mol.to_dict
     mol2 = IMolecule.from_dict(d)
     self.assertEqual(type(mol2), IMolecule)
开发者ID:leicheng,项目名称:pymatgen,代码行数:4,代码来源:test_structure.py



注:本文中的pymatgen.core.structure.IMolecule类示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等源码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。


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Python structure.IStructure类代码示例发布时间:2022-05-25
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